在孤兒院長大的痞子華一龍在一次斗毆中右眼重傷，接受了眼角膜移植手術后意外獲得了透視眼的特異功能，借此順利考入全國頂尖的北方醫科大學“臨床醫學特殊培訓班”（精英天才班），與宿舍四兄弟在醫學院一同成長的騷鬧熱血故事。在醫大生活中，各種重口味醫學課程、學霸與學渣互相比拼、魔鬼教授與調皮學生斗智斗勇，讓華一龍不斷的成長。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

在人類快速的發展下，人類和妖怪之間的平衡被打破。隨著環境的破壞，妖怪也不得不背井離鄉生活在人類城市。然而妖怪卻沒有屬于自己的法律保障和社會權力，這是一個人類為妖怪構建的反烏托邦！那么妖怪們究竟要如何擺脫這悲慘的命運呢？