明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

我自虛空而來，舉手諸天崩碎，覆手黃泉寂滅；我為魔、為神、為仙、為人。我是蕭晨，也是萬物，亦為主宰！

每天努力捉妖的羅道長，見到了羅師弟新收的徒弟——一只小鶴妖。一心捉妖的羅道長很為難，鶴妖師侄收還是不收呢？