修真少女渡劫飛升，引九天神雷擊毀天庭寶庫。屌絲少年孽緣巧合，與聚寶盆融為一體。天庭寶物散落人間，各路神魔垂涎三尺。一場由法寶引起的“血雨腥風，明爭暗斗”；“前世今生，恩怨纏綿”就此拉開。

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

天才少年林合在參加平南省少年乒乓球錦標賽時，遭受好朋友的背叛和陷害，而決心退出乒乓球運動的生涯。而在此時卻遇到了校痞曹斌，而重燃熱情，向新的目標開始迸發的熱血故事。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。