明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

葉小天世襲罔替，卻非王侯；他出身世家，卻非高門。作為六扇門中的一個牢頭兒，他本想老老實實把祖上傳下來的這只鐵飯碗一代代傳承下去，卻不想被一個神棍忽悠出了那一方小天地，這一去，便是一個太歲橫空出世。

長生不死的陳起，每秒都會自動增加壽元，可在弱肉強食的修真界卻毫無作用。為了修習仙術進入落仙宗，卻意外加入老殘院，四個師傅都因為修習禁術而身體殘缺，而對于特殊特質的陳起來說，卻是如魚得水……