自從人類發現上層大陸并大舉遷移，被留在暗夜大陸的人們只能在黑暗種族的壓迫下艱難求生。主角萬流童年時家鄉被血族屠遍，全村僅有萬流一人逃過一劫，萬流立誓復仇。可他的仇人竟是黑暗種族中萬年一見的天才加爾威廉！ 萬流并未因此氣餒，哪怕面對常人難以承受的磨練，哪怕遭遇陷害身陷絕境，哪怕孤身對抗來自人類與黑暗種族兩方的壓迫也絕不放棄。突破！變強！直抵帝君之位！為了復仇，也為了改變這混亂的世界！

公元前265年，司馬昭病逝，其子司馬炎繼位。取代曹奐，把國號改為晉，是為晉武帝。晉武帝率領軍隊滅東吳，東吳最后一位君王孫皓被迫投降。至此三國鼎立局面徹底結束，西晉，這個長達短暫統治51年，混論紛爭的年代，就這樣，拉開了序幕

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

身懷“源石”的修者少女青雨，為了逃避天軍的追捕，意外與困在虛境中的少年荊伍相遇...