男主原是現代世界普通大學生，某天偶遇算命人并被告知災禍將至，若不破解恐性命之危。因此男主接過山海玄中錄且答應完成書中各妖娘所在世界對應的任務......回家后，男主翻開山海玄中錄第一頁出現攻略人物，瞬間被吸入書中，由此正式開啟第一個攻略任務。

2516地球環境惡化，人類將月球改造成了一個理想國度“龜塔”。 然而只有最優秀的人才有移民權。同時因龜塔不斷脫落細胞（破壞力極強的怪物“蜉蝣”），使地球生存環境更加惡劣。為了盡快離開地球，移民新世界，窮逼少年杜凜和伙伴們加入了機甲隊，靠擊殺蜉蝣獲取移民分，不想蜉蝣愈殺愈強，杜凜幾經危險，就在生死未卜之時，一個神秘蘿莉出現在了他的生命里，杜凜獲得了巔覆整個戰局的力量。

這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……