一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統續作，一克帝國一統十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區的東伐西討、南征北戰，以及探秘發現未知區域及其他國度的奇幻旅程（根據小說一克帝國異域志內容改編而成）。

比喻了一位名叫山脈的少年率領離子化、紡錘形、射電、羽毛、蝴蝶和仙組成了光弧教練的光之隊在宇宙星之飛球大賽的過程，從中遇到了由牙率領的金之隊、拱心環率領的獸之隊、藍離散率領的矢之隊等等并與光之隊決斗著，最終得到了冠軍。

在孤兒院長大的痞子華一龍在一次斗毆中右眼重傷，接受了眼角膜移植手術后意外獲得了透視眼的特異功能，借此順利考入全國頂尖的北方醫科大學“臨床醫學特殊培訓班”（精英天才班），與宿舍四兄弟在醫學院一同成長的騷鬧熱血故事。在醫大生活中，各種重口味醫學課程、學霸與學渣互相比拼、魔鬼教授與調皮學生斗智斗勇，讓華一龍不斷的成長。