原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

為防止門人脫離學派宗旨，墨家設有不為人知的組織“本墨”，以秘術監視、協助墨者開展兼愛天下的理念。戰國末期，墨家三分，遙遠、云飛、司空曼作為秦、楚、齊三國的本墨，為了彼此共同的理想，展開了波瀾瀾壯闊的戰國旅程

女主陽蘿目睹母親被吸入一本天書，為了尋回母親，陽蘿開始四處收集天書，并在“藏書閣”昴和男主人公習語的陪伴下，克服了種種困難。隨著收集的天書越多，陽蘿發現母親竟然是天書里面的人物，并與身為人類的父親產生了愛的結晶，生下了自己。陽蘿有一半天書血統的事瞬間引起了很多藏書閣的注意，并對陽蘿采取了回收行動。于是陽蘿一邊應對這些藏書閣，一邊加快速度收集天書。