一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統續作，一克帝國一統十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區的東伐西討、南征北戰，以及探秘發現未知區域及其他國度的奇幻旅程（根據小說一克帝國異域志內容改編而成）。

由于人族的貪婪，其他種族逐漸在一次次的混戰中隱匿了痕跡——混戰中水中界被納入地上界版圖，除了精靈族，現在地上界的情況是這樣的：異族在人族中只剩下了傳說和教會的宣傳口號，但是除了精靈族外的其他種族其實在地上界還各有活動，只是隱藏了真實身份。拉法爾，來自天上界的精靈，由于不可告人的秘密來到人間界，遇見各色各樣的人類，并與其中三個伙伴組成團隊一起粉碎邪惡的陰謀。

2516地球環境惡化，人類將月球改造成了一個理想國度“龜塔”。 然而只有最優秀的人才有移民權。同時因龜塔不斷脫落細胞（破壞力極強的怪物“蜉蝣”），使地球生存環境更加惡劣。為了盡快離開地球，移民新世界，窮逼少年杜凜和伙伴們加入了機甲隊，靠擊殺蜉蝣獲取移民分，不想蜉蝣愈殺愈強，杜凜幾經危險，就在生死未卜之時，一個神秘蘿莉出現在了他的生命里，杜凜獲得了巔覆整個戰局的力量。