一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統續作，一克帝國一統十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區的東伐西討、南征北戰，以及探秘發現未知區域及其他國度的奇幻旅程（根據小說一克帝國異域志內容改編而成）。

葉凡作為“星殺術”的傳人，身負異能進入大學校園。然而他發現，周圍有自己這種“異能”的人不止自己一個。同寢室的室友嚴冰、學生會會長、同級的女神葉蘋，都身懷絕技。身邊時常能感受到奇怪的目光，好像四周有人總在黑暗中隱隱的窺探。似乎父親傳授給自己的“星殺術”，將自己帶入了一個危險的境地？“血色黃昏”又是什么組織？他的大學生涯，看來注定無法平靜。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。