前世的姻緣破滅，龍蝶說：“若有來世，不愿見君?！饼埖D世后墜入魔界，陰差陽錯的成了魔君的妃子，且毀去容顏，從此被打入冷宮遭受世人的嘲笑，姐姐也與她反目成仇。 童云澤因想要追回她，從仙界一路尋來，找到她的轉世。他在魔界眼睜睜的看著心愛的她錯愛上旁人，看著她在魔界里面飽受屈辱，前世因他，他們兩個一別兩寬，今生，他想用盡全力，守護在她的身旁，與她再續前緣。

死后五百年，還被人們銘記的人，他們的靈魂便可以成為“靈體”。 根據現代人的印象，呈現出與生前的人形不同的形態。如今，不少歷史上的著名人物成為“靈體”，在新的時代，述寫新的傳奇。作品獨創性的提出“魂”與“靈體”之間關系的概念——一直被人們記住的歷史人物的“魂”最后幻化成了“靈體”寄宿在了后來的一代又一代的人身上，并永不停息的持續著“他們”之間的戰爭，此所謂“魂戰紀”。

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……