明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

天授二年臘月，武則天詔令百花連夜開放。牡丹仙面臨選擇——開，就是順從；不開，就是死。桃花勸她低頭——不過百年，女皇就死了。牡丹仙說——我的選擇是不開。 她開始講述自己的故事。 上古時期，女媧造人，她是群體本性的象征。諸神祝福人類時，壽星公種下牡丹種子，牡丹仙誕生，代表對未來的希望。蒼天誕生，代表個體本性，與女媧展開戰爭。女媧補天，道隕化入萬靈，群體本性成為萬靈內心的聲音。 伏羲被困天庭，神農氏退位，帝俊蠱惑萬靈為妖，人妖大戰爆發。炎帝的安撫政策被蒼天陰謀破壞，被迫轉為鎮壓，萬靈投靠妖族，百年血戰。炎帝內疚殉道。蚩尤拒絕妖族幫助，獨自戰斗，被擒囚禁。 五帝時代，禪讓制是群體本性的最后堡壘。夏啟被蒼天蠱惑，武力奪位，廢除禪讓制，開啟家天下。“天下為公”變成“天下為家”，個體本性勝利。此后四千年，王朝循環，蒼天詛咒。 東漢末年，張角覺醒，高呼“蒼天已死，黃天當立”，黃巾起義失敗，但火種不滅。 牡丹仙在歷史中經歷了六世。第一世壽星紫，祝福未來，死于人妖大戰。第二世玉版白，祝福善意，陪伴曹植十年，殉情而死。第三世化為姚黃、魏紫、荷包牡丹，祝福愛情，千年后困惑而死。第四世洛陽紅，祝福反抗，在風雪中燃燒自己，鮮血化入泥土。 1949年，新中國成立。群體本性最終戰勝個體本性，“天下為公”回歸人間。 春天，邙山，六色牡丹同時綻放。牡丹仙站在花海中微笑。無數身影浮現——炎帝、蚩尤、張角、無數先烈。毛主席站在花海中，輕觸一朵洛陽紅。 待到山花爛漫時，他在叢中笑。

早期情節重點圍繞主角風蕭蕭，打怪升級比武搶裝備，氣氛輕松幽默，故事張力十足。中后期偏重江湖幫派爭斗，陰謀詭計紛呈不斷，殺手組織引起江湖風起云涌。這一路，主角風蕭蕭從一個一無所知的游戲小白變成江湖前輩的傳奇。 這是最真實的網游世界，也是最無間道的快意江湖……