故事講述了個性開朗喜歡搗亂的小學生布丁，和性格有點暴躁的黃連，倆人的日常校園生活故事。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

甲級戰犯死死惡重現于世，打破了本就虛偽又脆弱的和平。為了保全利益，蟲重勢力與其大打出手，揭開了大戰的帷幕，而引起這場戰爭的，卻是一個因身負詛咒才來到此地，勉強擦邊才通過了入學考核不久的姚命同學。殊不知，他進入的，是一所被卷入漩渦中心，且被世人憧憬又忌憚的毀滅之地。它，被稱之為—黑幫大學。