一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統續作，一克帝國一統十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區的東伐西討、南征北戰，以及探秘發現未知區域及其他國度的奇幻旅程（根據小說一克帝國異域志內容改編而成）。

車禍身亡的林淵，意外地穿越到了平行世界，并成為了一頭自帶簽到系統的怪獸！在馬里亞納海溝簽到，獎勵“吞噬能力”！在極淵島簽到，獎勵“爆裂吐息”！在極寒冰原簽到，獎勵“紅蓮形態”！在亞馬遜雨林簽到，獎勵“破壞神形態”！不過，林淵秉著不無敵就不出世的念頭，在極淵島上默默簽到了三十年……三十年后，外星艦隊進攻地球？黑暗泰坦集齊六顆滅世寶石？異族怪物大舉入侵？黑暗宇宙妄圖覆滅人類文明

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。