明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……

故事講述了六扇門名捕葉菩提與同伴寒漠屢破驚險奇案的推理冒險故事和破獲匪夷所思的案件的驚險歷程。離奇飛頭疑案環環相扣，帥哥美女偶像偵探掉入陰謀迷局。一個個匪夷所思的案件，看似毫無關系，實則環環相扣；十大迷局一場陰謀，迷局背后的大主角身份成迷，臥底陷阱錯綜復雜、真假難辨的迷團，看似毫無關系的案件背后實則環陷阱重重，不到最后誰都不知道陰謀的真相……