很久以前，妖獸橫行，禍害人間，百姓民不聊生。就在這時，一位仙人出現，他將妖獸引領到一個世外秘境，這個秘境被后人稱之為“山海界”。 數百年過去了，某一天仙人設下的結界受到破壞，部分靈獸出逃人間，為了將靈獸尋回，現任守界者靈發仙人來到人類的世界。然而此時此刻，孟然和同學正因為誤闖后山而遇到傳說中的兇獸窮奇……

半吊子除靈師參上！ 都市的街頭，一群吃人的「念靈」正悄悄在人類世界擴張他們的勢力。 項飛，一個半吊子除靈師，在將‘貪’念靈消滅之際，卻被念靈意外侵入體內，自此命運之輪緩緩轉動…… 在這個物欲橫流的大都市里，每個人都擁有自己的欲望。 當欲望開始失控，產生邪念，它就能凝聚成型，化為靈體，從而控制人類。 這種靈體生物，人們稱之為‘念靈’！ 所謂萬物相生相克，有靈，便會有除靈。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

死后五百年，還被人們銘記的人，他們的靈魂便可以成為“靈體”。 根據現代人的印象，呈現出與生前的人形不同的形態。如今，不少歷史上的著名人物成為“靈體”，在新的時代，述寫新的傳奇。作品獨創性的提出“魂”與“靈體”之間關系的概念——一直被人們記住的歷史人物的“魂”最后幻化成了“靈體”寄宿在了后來的一代又一代的人身上，并永不停息的持續著“他們”之間的戰爭，此所謂“魂戰紀”。