這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……

卡布兔的故事發生在一個魔法世界，故事的七位主角小兔子分別是: 桃夭夭、芒忙忙、茶豆豆、柚多多、萄七七、藍莓莓、巧克粒粒。兔兔們在奶茶街和神秘的店主魔女一同經營著卡布兔奶茶店，努力保護奶茶店原料水源地——奶茶湖，以及服務奇奇怪怪的客人們。有時兔兔們也會在偶然開啟的冒險中遇見許多新的伙伴，比如到達湖底花園結識七只MAOMAO龍，奇妙又治愈的故事就這樣在魔法世界中展開了。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。