不知你有沒有聽過這么一種說法：預知前生事，今生所受事。前世之因，后世之果，如果你種下了這個因，那么無論經過多少個輪回，你都擺脫不了這個結果。該如何化解呢？這也許是無可奈何、難以化解的宿命。 而有這么一種生意，偏偏就是要回到你種下因的這一世，找出宿命的根源，改變它，從而也改變你今生的結果。這門生意不收錢，收的僅僅是——你的一滴眼淚。 身世離奇的少女葉隱，從小被師父司音收養的她，在出師后，開始了這奇妙的時空之旅……

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。