明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥?kù)`——冬葵仙子。她懇請(qǐng)世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥?kù)`對(duì)話(huà)的李子明幫助藥?kù)`們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁(yè)，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來(lái)，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長(zhǎng)，收集殘頁(yè)的同時(shí)也與藥?kù)`們結(jié)下深厚羈絆。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

女主陽(yáng)蘿目睹母親被吸入一本天書(shū)，為了尋回母親，陽(yáng)蘿開(kāi)始四處收集天書(shū)，并在“藏書(shū)閣”昴和男主人公習(xí)語(yǔ)的陪伴下，克服了種種困難。隨著收集的天書(shū)越多，陽(yáng)蘿發(fā)現(xiàn)母親竟然是天書(shū)里面的人物，并與身為人類(lèi)的父親產(chǎn)生了愛(ài)的結(jié)晶，生下了自己。陽(yáng)蘿有一半天書(shū)血統(tǒng)的事瞬間引起了很多藏書(shū)閣的注意，并對(duì)陽(yáng)蘿采取了回收行動(dòng)。于是陽(yáng)蘿一邊應(yīng)對(duì)這些藏書(shū)閣，一邊加快速度收集天書(shū)。