身懷“源石”的修者少女青雨，為了逃避天軍的追捕，意外與困在虛境中的少年荊伍相遇...

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

身為X組織特工的葉宗秦，大腦突然被轉移到一名叫“明雅”的少女身上，并且被清除了記憶。醒來時竟然卷入到一場生死選拔賽之中！這背后究竟在策劃著怎樣的陰謀，等待著秦的又將會是什么？