一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統續作，一克帝國一統十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區的東伐西討、南征北戰，以及探秘發現未知區域及其他國度的奇幻旅程（根據小說一克帝國異域志內容改編而成）。

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

健神學院同宿舍的李飛、雪千化、沈曉時三人因為不同的悲慘遭遇，在絕境中分別獲得滅欲狂刀、欲望之眼、時間之刃的異能。雪千化控制別人欲望得到了一切，但他卻得不到曾經失去了的，看著李飛美好而幸福的生活后就感覺上天對自己太不公平，嫉妒李飛的他唯獨不能控制李飛，他便操縱別人從各方面攻擊李飛，更多的異能者參與進來，他們在格斗場上斗智斗勇斗心志。哪種異能能夠披荊斬棘脫穎而出成為最后的勝者呢？讓我們拭目以待吧……

每天努力捉妖的羅道長，見到了羅師弟新收的徒弟——一只小鶴妖。一心捉妖的羅道長很為難，鶴妖師侄收還是不收呢？