原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

公元前265年，司馬昭病逝，其子司馬炎繼位。取代曹奐，把國號改為晉，是為晉武帝。晉武帝率領軍隊滅東吳，東吳最后一位君王孫皓被迫投降。至此三國鼎立局面徹底結束，西晉，這個長達短暫統治51年，混論紛爭的年代，就這樣，拉開了序幕

原本游走江湖逍遙自在的她居然是皇室遺孤，當朝帝王居然是她的親伯父！原本與師兄過著浪跡天下逍遙自在的她，被迫回到皇室卻被不同勢力所針對。而表面維護自己的親伯父，居然將她視作和親拉攏鄰國的政治禮物。被迫作為棋子的她，如何贏取傲嬌西域王子的愛，如何收服西域子民的心。

前世的姻緣破滅，龍蝶說：“若有來世，不愿見君。”龍蝶轉世后墜入魔界，陰差陽錯的成了魔君的妃子，且毀去容顏，從此被打入冷宮遭受世人的嘲笑，姐姐也與她反目成仇。 童云澤因想要追回她，從仙界一路尋來，找到她的轉世。他在魔界眼睜睜的看著心愛的她錯愛上旁人，看著她在魔界里面飽受屈辱，前世因他，他們兩個一別兩寬，今生，他想用盡全力，守護在她的身旁，與她再續前緣。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。