這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……

這是不一樣的都市，警察、偵探、神秘殺手，幾路人馬的目標都是我們的主角大叔與蘿莉，黑車生意在一次綁架案中結束，大叔碰上蘿莉，從此走上了一同亡命天涯的道路，被追殺的路上是生是死，起源究竟所為何事，遇上的盟友還是敵人，是引頸就戮還是絕地逆襲，且看主人公大叔逃亡一路上尋找真相，做出最后的抉擇……

身懷“源石”的修者少女青雨，為了逃避天軍的追捕，意外與困在虛境中的少年荊伍相遇...

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。