一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統續作，一克帝國一統十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區的東伐西討、南征北戰，以及探秘發現未知區域及其他國度的奇幻旅程（根據小說一克帝國異域志內容改編而成）。

在與現實世界極為相似的平行世界里，虛擬現實技術極度發達，一群在現實中身份各異的少年，進入了名為尋找公主的虛擬現實游戲中，并在游戲中成為了朋友。殊不知這是一款由掌權者打造的，一款專門用于選拔的游戲。孩子們在游戲種產生的數據會被電腦計算，篩選，最終選出智力，力量等各方面異于常人的潛力孩子，被選出的孩子將在特攻學院中進行特殊培訓，最終之戰將在現實展開。

十萬年前，忘仙宗老祖陳玄無敵于天下卻在巔峰時退隱，無人知曉，他是因系統金手指故障無法繼續突破，擔心晚節不保，才隱居世間的。某天，宗門后代女弟子前來求救，卻讓系統成功重啟……只要培養后代，他可以繼續變強，可以繼續獨斷萬古！躲了十萬年的玄天帝，帶著全新的金手指出山了……

千年蛇妖趁封印變弱逃了出來后被老板所救，機緣巧合下遇見了前往陽界收回冥魂的判官大人崔鈺。