不知你有沒有聽過這么一種說法：預知前生事，今生所受事。前世之因，后世之果，如果你種下了這個因，那么無論經過多少個輪回，你都擺脫不了這個結果。該如何化解呢？這也許是無可奈何、難以化解的宿命。 而有這么一種生意，偏偏就是要回到你種下因的這一世，找出宿命的根源，改變它，從而也改變你今生的結果。這門生意不收錢，收的僅僅是——你的一滴眼淚。 身世離奇的少女葉隱，從小被師父司音收養的她，在出師后，開始了這奇妙的時空之旅……

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

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這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……