明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

天真爛漫，不諳世事的千金大小姐許倩然，因對小時候見過的一位流浪武人的向往，對江湖產生了莫大的興趣。她纏著家里的武生教授她武術，卻又受不了辛苦的訓練，只學了點皮毛便以為自己很厲害。一日，她的娘親逼她與富商的兒子成親，然而許倩然不愿將余生交給她素未謀面的人，便帶上丫鬟綠撫女扮男裝，離家出走闖蕩江湖。為了追求所愛，歷經千辛萬苦，終于尋得了自己理想中的愛人，并最后獲得了皇后的祝福，迎來了幸福美滿的結局。

少年生活在一個人類與怪物共存的大陸—紙風車之國，平靜的日常下危機四伏…