原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……

生于震那帝國的宋江，是一名正義感和好奇心強烈的采風，在一次際遇中被卷入禁軍的紛爭中，得到“天印”的能力，化險為夷。帝國能源“星石”日漸枯竭，化解這一問題的線索，就藏在震那初代帝王所造的九顆天印中。 帝國太尉高俅聲稱履行帝王的旨意，開始了對天印的強行回收計劃。面對帝國禁軍的異動，反抗帝國的勢力紛紛崛起。江決心要平息這場紛亂，一路上聯絡志同道合的英豪，率領著以劉武山為據點的反抗軍，開始了討伐高俅。

由于人族的貪婪，其他種族逐漸在一次次的混戰中隱匿了痕跡——混戰中水中界被納入地上界版圖，除了精靈族，現在地上界的情況是這樣的：異族在人族中只剩下了傳說和教會的宣傳口號，但是除了精靈族外的其他種族其實在地上界還各有活動，只是隱藏了真實身份。拉法爾，來自天上界的精靈，由于不可告人的秘密來到人間界，遇見各色各樣的人類，并與其中三個伙伴組成團隊一起粉碎邪惡的陰謀。