明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

傳說中的“死者之書”消失千年后再度現世，各國高層蠢蠢欲動，暗中發起了爭奪之戰，而剛從監獄里完成任務出來的吉薩，本想拿著傭金先休息幾個月，卻因意外和考古界泰斗的孫女巫晴晴卷入了這場巨大的危機當中，可吉薩的體內，卻封印著其中一部分“死者之書”的力量！

十萬年前，忘仙宗老祖陳玄無敵于天下卻在巔峰時退隱，無人知曉，他是因系統金手指故障無法繼續突破，擔心晚節不保，才隱居世間的。某天，宗門后代女弟子前來求救，卻讓系統成功重啟……只要培養后代，他可以繼續變強，可以繼續獨斷萬古！躲了十萬年的玄天帝，帶著全新的金手指出山了……