這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……

伊格麗絲不愿成為權欲的工具，更害怕經歷與母親同樣的人生，所以只想自由自在孤獨終老，一直以來以敗壞自己名聲的方式，獨自抗爭著“必須嫁人”的命運…… 直到遇到雷納爾，一位未來注定成為教皇的男人。 在他眼里，她是迷途的小玫瑰， 而他也甘愿為愛下神壇，帶著她成長，引導她走向幸福的正途……

身懷“源石”的修者少女青雨，為了逃避天軍的追捕，意外與困在虛境中的少年荊伍相遇...

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。