明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

少年生活在一個人類與怪物共存的大陸—紙風車之國，平靜的日常下危機四伏…

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

2516地球環境惡化，人類將月球改造成了一個理想國度“龜塔”。 然而只有最優秀的人才有移民權。同時因龜塔不斷脫落細胞（破壞力極強的怪物“蜉蝣”），使地球生存環境更加惡劣。為了盡快離開地球，移民新世界，窮逼少年杜凜和伙伴們加入了機甲隊，靠擊殺蜉蝣獲取移民分，不想蜉蝣愈殺愈強，杜凜幾經危險，就在生死未卜之時，一個神秘蘿莉出現在了他的生命里，杜凜獲得了巔覆整個戰局的力量。