一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統續作，一克帝國一統十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區的東伐西討、南征北戰，以及探秘發現未知區域及其他國度的奇幻旅程（根據小說一克帝國異域志內容改編而成）。

一道閃電，將花小青，花小倩兩姐妹劈的靈魂互換！從此以后，妹妹要替姐姐女扮男裝掌控地下娛樂會所“皇都”，而從小女扮男裝的姐姐卻要代替妹妹進軍娛樂圈，可是，這個換身的游戲一點兒也不好玩，總裁大人和軍少都是不好惹的主子，可是偏偏惹上了，這可如何是好！

隨著21世紀末的鐘聲響起，宣告著核武的沒落。地球因核戰四分五裂。執念者們陰差陽錯獲得了異能，為了克制暴亂的異能者，城市的人們成立專門組織——異能回收小組。主要負責強行拘捕不愿被政府管轄的異能者。一場屬于異能者們的戰斗全面展開……